Pendidikan tinggi ini didirikan pada tahun 1979. Perguruan ini didirikan dengan nama Perguruan Teologi Medan (PTM) dilengkapi dengan Program Diploma Teologi sampai Tahun Ajaran 1983/1984 telah menghasilkan beberapa lulusan Diploma Teologi.

Pada tahun 1984 PTM berubah menjadi Perguruan Tinggi Teologi Bethsaida (PTTB), yang dilengkapi dengan program Diploma Teologi dan Sarjana Muda Teologi dan telah sukses dalam pelayanan pendeta di berbagai gereja dan menjadi guru agama.

Pada tahun 1986 telah di buka program pendidikan khusus bagi pendeta yang telah bekerja disebut program ekstension dengan sistem kuliah padat, seminar dan kuliah kerja. Hal ini dilakukan untuk membantu para pendeta yang telah bekerja sehingga mereka dalam pelayanan rutin tidak terganggu. Program ini dilakukan menyerupai sistem universitas terbuka.

Pada tahun 1988 PTTB berubah nama menjadi Institut Pendidikan Tinggi Teologi Bethsaida (IPTTB) dan tahun 1998 telah meluluskan sejumlah Sarjana Pendidikan Agama Kristen, Sarjana Teologi dan Diploma Teologi.

Pada tahun 1994 telah dibuka Program Pasca Sarjana  Strata Dua (S-2) dengan Program Studi Ministry dengan predikat Master of Ministry (M.Min).

Pada tahun 2000 Program Pasca Sarjana diperluas dengan membuka program Master of Theology in Pastoral (M.Th) dan Master of Art in Counseling (MA) telah menamatkan sejumlah Sarjana Strata Dua.

Pada tahun 2003 IPTTB berubah nama menjadi Sekolah Tinggi Teologi Injili Bethsaida (STTIB) yang terdiri dari Fakultas Teologi, Fakultas Pendidikan Agama Kristen dan Pasca Sarjana meliputi Magister of Ministry, Magister of Theology dan Magister of Art in Counseling.

Pada tahun 2004 Program Studi PAK telah mendapat pengakuan untuk ujian negara dari Dir. Jen. Bimas Kristen No. 93 Tahun 1989 dan No.DJ. III/Kep/HK. 00. 5/91/3715/2003 dan sekarang telah memiliki status terdaftar pada Dirjen Bimas Kristen RI dengan nomor DJ. III/Kep/HK.005/819/2004.

Pada tahun 2009 Program Studi Teologi Kependetaan telah mendapat pengakuan untuk ujian negara dari Dirjen Bimas Kristen dengan memiliki status terdaftar pada Dirjen Bimas Kristen Depag RI No. DJ. III/Kep/HK.00.5/123/2008. No. DJ. III/Kep/HK.00.5/127/2010 (PAK) dan No. DJ. III/Kep/HK. 00.5/129/2010 (Teologi).

Sebagai lermbaga pendidikan teologi yang oikumenis STTI Bethsaida sejak tahun 2004 telah menamatkan:

1. Sarjana PAK (S.PAK)                                                        
2. Sarjana Teologi (S.Th)
3. Program Magister Theologi
4. Magister Pendidikan Agama Kristen

Lulusan di atas berasal dari berbagai gereja yaitu GSJA, GBI, GPDI, GPI, ONKP, GMI, HKBP, GPP, dan lain-lain. Sejak tahun 2004 STTI Bethsaida telah menyelenggarakan ujian negara untuk jurusan PAK dan Teologi.

Status Akreditasi STT Injili Bethsaida

1. Prodi Pendidikan Agama Kristen : Akreditasi BAN – PT
2. Prodi Teologi             : Akreditasi BAN – PT
3. Pasca Magister Pendidikan Agama Kristen : Akreditasi BAN – PT
4. Pasca Magister Teologi : Akreditasi BAN – PT